Ustrojstvene jedinice HIIM-a mogu se razvrstati u tri glavne skupine:
- Zajedničke službe u okviru Tajništva HIIM-a (Ured ravnatelja, Tehnička služba, Knjižnica, Dormitorij s klubom), te Stručno vijeće HIIM-a i Međunarodni znanstveni savjet HIIM-a
- Zavod za neuroznanost (kao sjedište svih oblika diplomske i poslijediplomske nastave)
- jedinice za obavljanje znanstvenih istraživanja i stručne djelatnosti, kao što su Odsjeci i Laboratoriji HIIM-a.
Tajništvo HIIM-a:
Tajništvo HIIM-a je ustrojbena jedinica za obavljanje stručno administrativnih i tehničkih poslova te materijalnog poslovanja HIIM-a u tijesnoj suradnji i koordinaciji s Tajništvom Fakulteta. Tajništvo obuhvaća Ured ravnatelja, Tehničku službu, Knjižnicu te Dormitorij s klubom.
Ured ravnatelja:
Sadašnji ravnatelj HIIM-a je prof. dr. sc. Miloš Judaš; zamjenik ravnatelja je prof. dr. sc. Goran Sedmak ; pomoćnik ravnatelja za odnose s javnošću je izv. prof. dr. sc. Željka Krsnik . Tajnica ravnatelja je Sunčana Rubić, a tajnica HIIM-a je Tena Popović. Institut ima i počasnog ravnatelja, a to je osnivač Instituta akademik Ivica Kostović.
Tehnička služba:
Voditelj Tehničke službe HIIM-a je gospodin Ivan Ban, a njegov pomoćnik gospodin Hrvoje Baćani.
Knjižnica
Dormitorij s klubom
Dormitorij s klubom smješten je na 3. katu zgrade HIIM-a (click here za Galerija - fotke). Dormitorij ima 12 dvokrevetnih soba i jedan apartman (svaka soba ima kupaonicu, interni telefon, internet i klimatizaciju). Dormitorij služi za povremeni boravak znanstvenika, suradnika, studenata i drugih osoba u okviru programa znanstvenog i stučnog rada HIIM-a, odnosno Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Smještaj u dormitoriju, kao i korištenje kluba, mogući su isključivo na temelju pisane zamolbe (link na Dormitorij zamolba / Dormitory request) dostavljene na adresu ravnatelja HIIM-a (koji odobrava smještaj i korištenje), a za raspored smještaja i korištenja brine gospođa Branka Vučić, domaćica HIIM-a.
Tijekom boravka u dormitoriju, gosti su se dužni pridržavati Kućnog reda (click here - copy text sa stare stranice). Troškovi boravka u dormitoriju i način plaćanja utvrđuju se cjenikom Medicinskog fakulteta te Poslovnikom o radu dormitorija i kluba HIIM-a.
Stručno vijeće Instituta:
Stručno vijeće HIIM-a čine: 1) ravnatelj, počasni ravnatelj, zamjenik ravnatelja i pomoćnik ravnatelja; 2) predstojnik Zavoda za neuroznanost (ujedno i pročelnik Vijeća predmeta Temelji neuroznanosti) te voditelj poslijediplomskog doktorskog studija Neuroznanost; 3) voditelji svih Odsjeka HIIM-a; 4) jedan predstavnik samostalnih laboratorija HIIM-a; 5) voditelj Znanstvenog centra izvrsnosti čije je sjedište u Institutu. U radu Stručnog vijeća mogu sudjelovati i drugi djelatnici HIIM-a (posebice voditelji laboratorija), kad se raspravlja o za njih značajnim pitanjima.