Stručno vijeće HIIM-a čine: 1) ravnatelj, počasni ravnatelj, zamjenik ravnatelja i pomoćnik ravnatelja; 2) predstojnik Zavoda za neuroznanost (ujedno i pročelnik Vijeća predmeta Temelji neuroznanosti) te voditelj poslijediplomskog doktorskog studija Neuroznanost; 3) voditelji svih Odsjeka HIIM-a; 4) jedan predstavnik samostalnih laboratorija HIIM-a; 5) voditelj Znanstvenog centra izvrsnosti čije je sjedište u Institutu. U radu Stručnog vijeća mogu sudjelovati i drugi djelatnici HIIM-a (posebice voditelji laboratorija), kad se raspravlja o za njih značajnim pitanjima.
Trenutačni sastav Stručnog vijeća HIIM-a je:
Ravnatelj - prof.dr.sc. Miloš Judaš
Počasni ravnatelj - akademik Ivica Kostović
Zamjenik ravnatelja - izv.prof.dr.sc. Goran Sedmak
Pomoćnica ravnatelja - izv.prof.dr.sc. Željka Krsnik
Predstojnik Zavoda za neuroznanost - prof.dr.sc. Goran Šimić
Voditelj poslijediplomskog studija Neuroznanost - prof.dr.sc. Mario Vukšić
Voditelji Odsjeka HIIM-a - prof.dr.sc. Marijan Klarica, prof.dr.sc. Svjetlana Kalanj-Bognar, prof.dr.sc. Dinko Mitrečić, prof.dr.sc. Neven Henigsberg, prof.dr.sc. Marko Radoš, prof.dr.sc. Milan Radoš, prof.dr.sc. Nataša Jovanov-Milošević, prof.dr.sc. Zdravko Petananjek, doc.dr.sc. Nikola Habek, doc.dr.sc. Andrija Štajduhar.